El uso de muestras respiratorias de pacientes procedentes de diferentes áreas geográficas de España ha permitido lograr la secuenciación completa del nuevo coronavirus SARS-CoV-2. En concreto, se trata de un trabajo realizado por investigadores del Laboratorio de Virus Respiratorios del Centro Nacional de Microbiología del ISCIII, gracias al cual se podrá conocer mejor las características del virus, analizar pequeños cambios específicos que definen su comportamiento y comprender mejor su circulación y difusión entre la población.

Se trata de una secuencia muy completa y sin indeterminaciones, que se ha podido elaborar gracias al uso de nuevos métodos de trabajo para la secuenciación completa del virus, entre los que se incluyen nuevos procesos de análisis bioinformático para la obtención de las secuencias genómicas del SARS-CoV-2.

El estudio de secuenciación se ha realizado directamente sobre muestras clínicas del virus (no con cultivos de laboratorio) con apoyo de las Unidades de Bioinformática y Genómica del Centro Nacional de Microbiología. Se ha llevado a cabo con muestras clínicas procedentes de País Vasco, Madrid, Andalucía, Castilla-La Mancha, Castilla y León, Cataluña y Galicia, y permite observar un mapa de la circulación y características de circulación del virus por toda España.

9 clados diferentes

Una de las cuestiones a tener en cuenta son los clados, es decir, los grupos filogenéticos que definen la evolución biológica de un organismo, ya que en ellos se pueden observan las diferencias genéticas de los coronavirus circulantes de todo el mundo, que explican cómo actúa y se comporta.

A este respecto, el conocimiento que se tiene hasta ahora del virus revela que las secuencias del SARS-CoV-2 se agrupan en 9 clados distintos. En este trabajo, se ha podido observar que las secuencias españolas del SARS-CoV-2 se han relacionado en 3 clados diferentes, denominados S, G y V.

De esta forma, esta secuenciación aporta nuevo conocimiento sobre la circulación del virus a nivel autonómico y nacional. Por ejemplo, revela informaciones como la ubicación de secuencias procedentes de Andalucía en un clado distinto al del resto de secuencias españolas, que se asocian filogenéticamente con secuencias procedentes de virus analizados en pacientes ingleses